RSMM melakukan kerja sama dengan berbagai jejaring pelayanan dalam mendukung pelayanan unggulan rehabilitasi Psikososial. Jejaring ini digunakan sebagai alur rujukan untuk mendapat layanan rehabilitasi psikososial atau rujukan penyaluran. Jejaring tersebut meliputi:
Rumah Sakit Rujukan
Dinas Kesehatan
Pendidikan dan Penelitian
Puskesmas
Lain-Lain
Dinas Sosial:
Pellayanan Unggulan Rehabilitasi social RSMM bersama dengan Bagian dan Instalasi Diklit telah merencanakan agenda continuing medical education dalam bentuk:
SISRUTE (Sistem Rujukan Terintegrasi) merupakan proses rujukan antar fasilitas pelayanan kesehatan dengan menggunakan teknologi informasi berbasis internet yang dapat menghubungkan data pasien dari tingkat layanan lebih rendah ke tingkat layanan lebih tinggi atau sebaliknya serta sederajat (horizontal maupun vertikal) dengan tujuan untuk mempermudah dan mempercepat proses rujukan pasien.
Bagi fasilitas pelayanan kesehatan yang mau merujuk ke RS Jiwa dr. H. Marzoeki Mahdi, dapat melalui Sistem Rujukan Terintegrasi (SISRUTE) yang telah disediakan oleh Kementerian Kesehatan, dengan memilih RS Jiwa dr. H. Marzoeki Mahdi pada kolom faskes tujuan rujukan.